Ngày 28 tháng 12 năm 1847 Lập pháp Lâm thời thành lập Quận Linn từ phần phía nam của Quận Champoeg (sau này thành Quận Marion). Ranh giới được thay đổi vào những năm 1851 và 1854 với việc thành lập Quận Lane và Quận Wasco. Quận lỵ ban đầu nằm ở Calapooia (sau này trở thành Brownsville) nhưng vào năm 1851, Lập pháp Lãnh thổ thông qua một đạo luật lập Albany thành quận lỵ. Một kỳ bầu cử đặc biệt vào năm 1856 tái xác nhận Albany là quận lỵ.